企業併購，超出被合併公司淨值的溢價金額，原本依企業併購法，業者可視為「商譽」，認列費用抵稅。但實務上，國稅局一夫當關，近年擋下至少卅多件抵稅案例，已嚴重影響國內企業合併案。國內第一宗銀行合併案：台新銀行合併大安銀行，台新爭取攤銷商譽價值長達十一年，但最高行政法院判決敗訴確定。台新考慮最近要聲請釋憲，要請大法官會議解釋，國稅局是否違憲。
各行各業併購案都面臨抵稅問題，但其中又以金融業最嚴重，因為許多中、外商銀行近年因為「配合政府政策」，併購信合社及問題金融機構，現在也都面臨商譽攤銷議題。
金融業統計，近年金融業共有卅八件併購案，其中大約有卅一件都面臨被國稅局剔除「商譽」抵稅的問題。
像中國信託商銀、元大及日盛銀行等近十年內的併購案，已在進行行政救濟；而有更多銀行的商譽攤銷案，還卡在「復查」或等國稅局核定階段。
舉例來說，台新金子公司台新銀行民國九十一年合併大安銀行，以九十四點七億多元換股合併大安銀，當年大安銀淨值為五十七億元，收購成本與大安銀淨值的差距（溢價）卅七億元，台新認定是「商譽」，可依法分五年攤銷抵稅。
台新因此在九十年列報攤提六億元、九十二年列報攤銷七點五億多元。
但國稅局事隔幾年後，才要求台新銀行提出證明：為何要花比淨值多卅七億元的價格併購大安銀行？
又如，中國信託銀行因併購萬通銀行，認列商譽四十六億元；併購鳳山信用合作社認列商譽約十八億元；都遭到國稅局剔除，目前分別在提起訴願和提出復查的階段。中信銀併購花蓮中小企銀認列的商譽六十億元，則尚未核定。
元大銀行在二○○三年至二○○五年間，陸續併購斗六信用合作社、台東信合社、台南七信、台南六信，但都因商譽攤銷問題，被國稅局認為「一文不值」，目前還在行政救濟階段。
玉山銀行二○○四年合併高雄企銀，認列六十一億元的商譽，分五年攤提；二○○四年至二○○六年的商譽攤銷，當中約有廿八億元，也遭國稅局剔除。
銀行主管說，併購銀行和買東西一樣，有時得多花點錢（溢價），才會買到；銀行必須花大錢併購，但溢價的「商譽」卻被國稅局認定成「一文不值」，連一塊錢商譽都不存在。
國稅局不同意台新認列「商譽」費用，這兩個年度的攤提費用案，台新從訴願到行政訴訟，並打到最高行政法院，都被判決敗訴。
一位不願具名的會計師說，商譽認定產生的抵稅問題，不只有金融業，國內所有產業併購都面臨相同問題，每家公司對於併購的考量不盡相同。部分企業因個別產業發展的合併，此時若攤銷費用遭剔除，可能不會影響併購意願；但對於不少企業來說，商譽攤銷的爭議，的確影響合併意願，也間接妨礙了企業的成長。
據他所知，某家科技業者就因先詢問了國稅局的「商譽」抵稅問題，在國稅局答覆「溢價金額不可抵稅」後，打消了併購意願。
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