兩稅合一自1998年實施至今，已有十五年。在這十五年來，稅制與社會經濟的時空背景已與過去不同，因此而有兩稅合一是否應改革探討之聲。兩稅合一對國庫的影響，財政部長張盛和曾於答覆立委質詢時表示，分配給居住者的扣抵稅額，每年扣抵高達1千億，以2011年為例，扣除因可扣抵稅額納入稅基所增加之稅收後，綜合所得稅淨損失約753億元，值此財政困難之際，認為兩稅合一亦可檢討。
為了鼓勵投資，早在兩稅合一實施前，我國稅法已有相關的租稅優惠。從1980年12月起，立法通過「儲蓄投資特別扣除額」開始，利息、股利、儲蓄性質信託基金收益等，在計算綜合所得時，可部分扣除。1989年12月所得稅法修正，將儲蓄投資特別扣除額列於「特別扣除額」項下，同時也刪除企業向員工借入款之利息可扣除之規定，以改善企業的財務結構，鼓勵企業改向金融機構借款。1998年12年開始適用兩稅合一，所得稅法第17條之3亦增列規定，自1999年起所取得的上市公司股利，不得列報儲蓄投資特別扣除額，以免有重複減免所得稅之情形。
實施兩稅合一的目的，除了鼓勵投資之外，也藉此消除所得重複課稅的情形，公司的盈餘在課徵營利事業所得稅後，分配股利予股東，股東就其股利所得課徵綜合所得稅，而造成重複課稅。我國的兩稅合一採「完全設算扣抵法」，個人在收到股利之後，其綜合所得稅應納稅額，可扣抵公司已繳納的所得稅，雖然所得稅分為營利事業所得稅與綜合所得稅兩稅，但對於同筆所得實際僅課徵一次所得稅，因此為「兩稅合一」。兩稅合一實施至今，雖然因無重複課稅，而減少了股東的稅負負擔，但複雜的「股東可扣抵稅額帳戶」（簡稱ICA帳戶），卻是公司在發放股利時的主要困擾。
稅務行政麻煩 但兼租稅公平
將公司已繳納的營利事業所得稅計入股東可扣抵稅額帳戶，在分配股利予股東、提列盈餘公積、分派紅利時，連同股東可扣抵稅額一併分配，但是股東可扣抵稅額分配有稅額扣抵比率之限制，稅額扣抵比率又隨該筆所得是否加徵未分配盈餘稅（10％）、稅率（原為25％，2010年起降為17％）的不同，而有不同的上限比率，例如，已加徵或未加徵未分配盈餘稅，且營所稅率為17％者，其稅額扣抵比率分別為33.87％、20.48％；2009年以前營所稅率為25％，在已加徵、未加徵未分配盈餘稅的情況下，其稅額扣抵比率上限分別為48.15％、33.33％，若公司分配的盈餘中，同時含有2009年以前及2010年後的盈餘，又得依比例分別計算上限。可見在ICA帳戶上的計算相當麻煩，耗去公司不少行政成本。
賦稅署署長吳自心於受訪時談到，完全設算扣抵法的確有稅務行政成本較高的問題，但卻是兩稅合一制度中，較具公平性的方法（適用綜合所得稅累進稅率，高所得者適用較高之稅率），相較於其他方法（如股利所得免稅法），較具量能課稅及租稅公平。
逢此兩稅合一的改革之聲，如何修訂對納稅人較為有利呢？勤業眾信聯合會計師事務所會計師林宜信提及，若從減輕納稅人稅務行政成本負擔的角度來看，兼顧稅收且保有鼓勵投資的功能，可考慮改採「部分股利所得免稅法」。如現行所得稅法第42條，營利事業投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得課稅，個人若可就其股利所得的部分免稅時，如此公司無須編製ICA帳戶，減少許多稅務行政成本，以及因誤配股東可扣抵稅額而被補稅加罰的風險；且部分免稅後之個人綜合所得稅稅率宜接近40％，可減少個人進行租稅規劃的誘因。
資誠聯合會計師事務所副所長吳德豐亦提及，若直接廢除兩稅合一，會使人民稅負陡然上升，並不可行。若在只修不廢，且不大幅修改的情況下，改採「部分設算扣抵法」，可能是影響較小的方式。然而部分扣抵的「部分」為多少，則須考量資本流動性所產生的問題。由於資本是可跨國流動的，資本會流向投資成本較低之處，若調整兩稅合一後，使外國人總稅負較輕，本國人的總稅負較重，則會使企業出走，或是促使本國股東在海外設立母公司再回臺投資。
【完整內容請見《會計研究月刊》2013.10月號】
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